Universitas Islam KH. Achmad Muzakki Syah Jember merupakan lembaga formal kelima yang didirikan di pondok pesantren Al-Qodiri. Sekolah tinggi ini juga merupakan pendidikan tinggi yang mengelola bidang agama 70 % dan umum 30 %. perbandingan tersebut mengandung arti bahwa lembaga ini memiliki dua jalur tujuan yang salng memberi keseimbangan yaitu jalur yang menghantarkan pada produk IPTEK dan jalur yang membentuk Insan Muttaqin (IMTAQ). Dua jalur tersebut hanya ditelusuri dengan tepat dan baik,karena sebuah sekolah tinggi tidak akan menghasilkan produk output yang berkualitas kalau produk IPTEK dan IMTAQ-nya tidak seimbang. Output yang hanya berilmu pengetahuan tanpa memiliki keimanan maka ia tidak bisa menempatkan ilmunya pada tempatnya ,sekarang banyak sekali kita lihat mahasiswa yanag pintar tapi mereka mengalami krisis moral,hal itu terjadi karena mereka tidak memiliki iman dan taqwa. Karena itu keseimbangan antara IPTEK dan IMTAQ sangat diperlukan untuk menuju kebahagiaan dunia dan akhirat.Seperti dalam surat Al-Baqarah ayat 201 .

Artinya : Dan diantara mereka ada orang berdo’a, “Ya Tuhan kami,berialah kami kebaikan di dunia dan kabaikan diakhirat dan peliharalah kami dari siksa neraka “ (Depag , 2000 : 24)

Hal ini juga sesuai dengan visi dan misi STAI Al-Qodiri Jember yakni:

Visi

Menjadi Perguruan Tinggi Islam yang Dinamis dan Kompetitif berwawasan Ahlus sunnah wal jama’ah.

Misi :

1. Menyelenggarakan pendidikan ilmu-ilmu keislaman yang berorientasi kepada perubahan kehidupan dengan memadukan pola modern dengan tradisi lokal.
2. Mengembangkan riset ilmu-ilmu keislaman berdaya saing skala nasional dengan berbasis kebutuhan masyarakat.
3. Mengfungsikan kreatifitas dan pruduktifitas dosen dan mahasiswa dalam mengawal perubahan di masyarakat.
4. Mengembangkan pola pemberdayaan masyarakat yang religius berbasis riset.

Sekolah Tinggi Agama Islam Al-Qodiri Jember merupakan lembaga pendidikan formal dibawah naungan Yayasan Pondok Pesantren Al-QOdiri 1 Jember yang terletak di Jl. Manggar 139 A kelurahan gebang kecamatan Patrang kabupaten Jember.tepatnya kurang lebih 2 km sebelah utara alun-alun kota Jember.

Sekolah Tinggi Agama Islam Al-Qodiri berdiri pada tahun 2001,didirikan langsung oleh KH.Achmad Muzakki Syah.Lembaga ini didirikan untuk menampung siswa dan siswi Madrasah Al-Qodiri dan masyarakat disekitar Pondok Pesantren. Pendirian Sekolah Tinggi Agama Islam Al-Qodiri adalah atas usulan dari Drs. Kamil,M.S.I kepada Kyai. H. Achmad Muzakki Syah,kalau bisa di pondok pesantren Al-Qodiri ada sebuah perguran tinggi dan bergabung dengan UIJ. Tetapi karena persyaratan-persyaratan yang diajukan terlalu berat,akhirnya Kyai ingin mendirikan sendiri sebuah Sekolah Tinggi berdasarkan YASPENDASRI (Yayasan pendidikan dakwah dan social Al-Qodiri) tahun 1988. Kemudian tahun 2002 YASPENDASRI diganti menjadi Yayasan Al-Qodiri Jember. tokoh yang dilibatkan pada waktu itu adalah Drs.Ach.Rifa’I Ikhsan ,Drs.Samsul Hadi ,Tomi Hartono dan lain-lain.

Pada awal tahun berdirinya STAI Al-Qodiri mempunyai 2 Jurusan baru yaitu Jurusan  Tarbiyah dan Jurusan Syari’ah. Selama 13 tahun STAI Al-Qodiri lebih banyak berusaha mempertahankan keberadaannya. Walaupun hanya 1 Jurusan Tarbiyah yang mampu bertahan. baru tahun 2012, Yayasan Al-Qodiri beserta STAI Al-Qodiri Jember sepakat untuk menghidupkan kembali Jurusan Syari’ah dan menambah beberapa Jurusan untuk mempertahankan status Sekolah Tinggi dan menampung aspirasi masyarakat dan siswa MA Al-Qodiri dan SMK Al-Qodiri untuk menambah Jurusan yang dibutukan.

Pada tahun 2019 STAI Al-Qodiri Resmi  Alih Status Menjadi IAI AL-Qodiri Jember dengan 3 Fakultas:

1. Fakultas Tarbiyah, terdiri dari 3 Program Studi :

• Program Studi Pendidikan Agama Islam
• Program Studi Pendidikan Bahasa Arab
• Program Studi Pendidikan Islam Anak Usia Dini

1. Fakultas Ekonomi Syariah, terdiri dari 1 Program Studi :

• Program Studi Ekonomi Syariah

1. Fakultas Dakwah terdiri dari 1 Program Studi :

• Program Studi Komunikasi Penyiaran Islam

1. Fakultas Syariah terdiri dari 1 Program Studi :

• Program Studi Ahwal Al-Syakhshiyyah

Pada Tahun 2024 IAI AL-Qodiri Jember Resmi Alih Status Menjadi Universitas Islam KH. Achmad Muzakki Syah.

1. Fakultas Tarbiyah, Terdiri Dari 4 Program Studi Sarjana 1 Program Magister Pascasarjana :

• Prodi Pendidikan Agama Islam
• Prodi Pendidikan Bahasa Arab
• Prodi Pendidikan Islam Anak Usia Dini
• Prodi Pendidikan Guru Madrasah Ibtida’iyah
• Prodi S2 Pendidikan Agama Islam

2. Fakultas Syariah, Terdiri Dari 1 Program Studi :

• Prodi Hukum Keluarga Islam

3. Fakultas Dakwah, Terdiri Dari 1 Program Studi :

• Prodi Komunikasi Dan Penyiaran Islam

4. Fakultas Ekonomi Dan Bisnis Islam, Terdiri Dari 2 Program Studi :

• Prodi Ekonomi Syari’ah
• Prodi Akuntansi Syari’ah